Un problema comune quando si lavora con le Swing e le API Java3D è quello di incorrere nel sovraposizionamento della parte 3D sulle swing.

A me è capitato che il componente JMenu delle Swing andasse a finire sotto la parte 3D, questo perchè i componenti Swing sono detti lightweight mentre i componenti Java3D sono detti heavyweight.

Per risolvere il problema del JMenu basta incollare questa riga:

JPopupMenu.setDefaultLightWeightPopupEnabled(false);